Кафедра "Экономика, финансы и управление на транспорте" является правопреемником кафедры "Экономика и организация железнодорожного транспорта", существовавшей
с 1951 г. С момента ее основания и до 1956 г. кафедрой заведовал доцент Александр Львович Лурье, которого по праву можно считать одним из пионеров в области применения математических методов в исследовании закономерностей развития экономики. Он разработал алгоритм разрешающих слагаемых для решения транспортной задачи, начал применять линейное программирование для реализации конкретных транспортных задач. Теоретические исследования Александра Львовича обобщены им в многочисленных публикациях.
В 1956 г. заведующим кафедрой был избран к.э.н. Александр Григорьевич Напорко, имевший большой опыт научной и педагогической работы на железнодорожном транспорте.
А.Г. Напорко продолжил формирование кафедры, пополнение ее квалифицированными специалистами в области экономики железнодорожного транспорта. Для выполнения учебной, методической и научной работы на кафедру постоянно привлекались по совместительству крупные специалисты МПС, ВНИИЖТа, МИИТа и других институтов
и организаций. Кафедра, как научный коллектив, активно участвовала в подготовке и проведении на железнодорожном транспорте экономической реформы 1965 – 1967 гг.,
в работе по совершенствованию методов управления и хозяйствования в последующие годы, что находило отражение в многочисленных публикациях в транспортной печати.
С 1974 г. кафедру возглавил доцент Юрий Николаевич Тихончук. С приходом Ю.Н. Тихончука на кафедре появились новые направления научных исследований и, в частности,
по организации объединенных транспортных хозяйств на железнодорожном транспорте
и рационализации грузовых перевозок на сети железных дорог.
В 1979 г. на должность заведующего кафедрой был приглашен к.э.н., доцент Роберт Михайлович Царев. С этого времени значительно расширились направления научных исследований кафедры в области повышения обоснованности плановых решений
и обеспечения эффективности функционирования промышленных предприятий железнодорожного транспорта.
Преподаватели кафедры успешно сочетали научные исследования с учебным процессом.
На кафедре была открыта подготовка специалистов по новой специальности "Организация
и нормирование труда", что обеспечило приток в отрасль профессионально подготовленных инженеров по организации труда. Р.М. Царев продолжил формирование кафедры квалифицированными кадрами. Были также подготовлены и изданы учебники для вузов "Научные основы управления железнодорожным транспортом" и "Экономика и планирование на железнодорожном транспорте".
В 1991 г. кафедру возглавила д.э.н., профессор Лидия Владимировна Шкурина.
В 2017 году в связи с реорганизацией к кафедре "Экономика, финансы и управление на транспорте" была присоединена кафедра "Учет, анализ и аудит".